В 1743 году митрополит Анатолий Нарожницкий открывает духовную семинарию. В первые годы существования семинарии работали лишь начальные классы. В последствии появился полный цикл обучения, в который, помимо богословских предметов, входило изучения латыни, истории, географии, математики, красноречия и ряда других дисциплин. Основной задачей обучения в Духовной семинарии являлось не просто получение знаний, а формирование духовных качеств, необходимых для будущих приходских священников. Помимо священнослужительства учеников Духовной семинарии отправляли на государственную службу туда, где требовались грамотные и образованные люди. В стенах семинарии была сформирована значительная библиотека, содержащая редкие рукописи, произведения, посвященные истории и культуре России.
После установления в Тобольске советской власти Духовная семинария была закрыта, и возрождена лишь в 1989 году. Поначалу она не имела собственного помещения. По решению епископа Дмитрия, при поддержке общественности города, семинарии было передано здание бывшей духовной консистории, расположенное на Софийском дворе Тобольского кремля.
После установления в Тобольске советской власти Духовная семинария была закрыта, и возрождена лишь в 1989 году. Поначалу она не имела собственного помещения. По решению епископа Дмитрия, при поддержке общественности города, семинарии было передано здание бывшей духовной консистории, расположенное на Софийском дворе Тобольского кремля.